No processo de institucionalização da pesquisa, ao lado dos princípios éticos inerentes ao desenvolvimento das atividades, a UCSal assume referências básicas que se consolidam como concepção pedagógica para a produção de conhecimento científico: indissociabilidade; autonomia institucional; multirreferencialidade e interdisciplinaridade; articulação institucional.

Duas referências se constituem indicadores para definição das áreas de pesquisa a serem institucionalizadas: o comprometimento da ciência com a sociedade e o tratamento interdisciplinar das questões de pesquisa, por se considerar possível, com essa abordagem, compreender de maneira mais inteira os problemas estudados, superando a disciplinaridade do conhecimento e requerendo interrelação entre as Unidades de Ensino.